EX-Center har två huvudmän – Aktiv Ortopedteknik och Föreningen för de Neurosedynskadade (FfdN). Denna unika uppbyggnad, med en vårdgivare och en brukarorganisation, är EX-Centers styrka och den är en förutsättning för organisationens existens. FfdN, som brukarorganisation, är direkt med och påverkar hur vården för personer med multipla extremitetsavvikelser ska utformas. Det är FfdN som ansvarar för förebildsverksamheten, hemsidor och brukarträffar. FfdN driver även handikappolitiska frågor som berör personer med multipla extremitetsavvikelser. Aktiv Ortopedteknik bedriver all rehabilitering för EX-Center och har avtalen med Region Stockholm.
Genom Dysmeliteamet i Stockholm har EX-Center ett nära samarbete med Neuropediatriska mottagningen på Astrid Lindgrens Barnsjukhus, Karolinska Universitetssjukhuset i Solna. I detta samarbete bidrar EX-Center till att barn med multipla extremitetsavvikelser blir omhändertagna och får ta del av den kunskap och den långa erfarenhet som finns.